「飛魚祭」共分十三次舉行，是由「飛魚祈禱祭」揭開序幕。每年定期的飛魚祭，是以相當傳統的方式進行，男子均穿著丁字褲，頭戴銀盔，祭典的過程隆重而壯觀。第一次約在舊曆年後，稱「飛魚祈禱祭」，黎明時，所有的船在海灘集合。男子頭戴銀帽，年長者手持短刀，高聲頌唱祭詞，船員們在領祭船主的帶領下，用銀盔、水瓢、手勢等來招呼飛魚，祈求神的保佑和飛魚的豐收。結束後，每艘船殺一隻雞，將血用食指點在卵石上，表示收穫的魚將和石頭一樣長久。最後一次是慶祝飛魚每一豐收和魚季結束，女子不能參加，只能遠觀。雅美族獨立居住在蘭嶼島上，因此也發展出獨特的海洋文化，且主要祭典都和海洋有關。雅美人認為飛魚是上天賜給他們的禮物，所以「飛魚祭」是雅美族最重要的祭典。他們利用飛魚喜愛光亮的特性，出海後將船尾的火把點亮，飛魚將迅速聚集至船邊，此時只要揮出長竿網即可滿載而歸。此時，海面火光點點，雅美人高唱凱歌，處處洋溢著豐收的喜悅。